Die ersten Siedler auf Mljet, von denen heute noch bauliche Überreste zeugen, waren die Illyrer. Ihre Hauptsiedlung Melitusa wurde von den Römern im Jahr 35 v. Chr. Zerstört und das nächste, was von der Geschichte der Insel schriftlich überliefert ist, ist der Bericht von einer Piratensiedlung im zweiten Jahrhundert unserer Zeitrechnung. Archäologen sehen zudem Beweise für die Anwesenheit von Römern, Goten, Byzantinern, Slawen und Awaren in der folgenden Zeit bis im 10. Jahrhundert die Neretljaner die Herrschaft über die grüne Insel mit den zwei Seen eroberten und hielten. 1151 wurde die Agrarwirtschaft um ein geistiges Zentrum in Form des Benediktinerklosters ergänzt und die Mönche wurden gleichzeitig zu Feudalherren - Fürst Desa hatte dem Orden in einer großzügigen Geste ganz Mljet und auch alle dort lebenden Arbeitskräfte vermacht. Bis 1345 Dubrovnik - und damit eigentlich Venedig - die Herrschaft über Mljet erhielt mussten die Orte Prozura, Zara und Korita einen Gutteil ihrer Einkünfte den Mönchen abgeben. Danach eben an die Serenissima, wobei der Insel so weit Autonomie zugestanden wurde, dass sie ihre eigenen Gesetze formulieren durfte. Die meisten Straftaten wurden mit dem selben und einer zusätzlichen Geldstrafe vergolten. So stand auf Mord eben Tötung, wer anderen eine Nase abschnitt verlor seine selbst und musste zusätzlich 50 Perperen an den geschädigten entrichten. Diese Gesetze wurden auch nach 1358 unter Österreich-ungarischer Hoheit weiterhin befolgt und geduldet. Dabei wurde die Insel in zwei Areale geteilt: Während der Westen dem Kloster gehörte und den Mönchen so Ruhe und Abgeschiedenheit für ihre Studien sicherte wurden im Osten weitere Siedlungen errichtet und Fleder bestellt.
1493 wurde ein eigener Rektor, ein kroatischer Verwalter, eingesetzt wodurch von der Fremdherrschaft kaum noch etwas zu spüren war - abgesehen von dem beachtlichen wirtschaftlichen Aufschwung jener Jahre! Erst 1808 wurde Mljets Geschichte wieder von der Dubrovniks getrennt: Die Franzosen eroberten das Eiland, dicht gefolgt von den Österreichern und den Wirren der Weltkriege. Diese Turbulente Zeit änderte den Charakter der Insel mehr als ihr Anlitz. Denn während immer noch die reiche Flora, die typische Fauna und die Abwechslungsreiche Landschaft mit ihren Gipfeln und Seen die Insel optisch prägen, leben die Einwohner nur noch vereinzelt von Viehzucht, Feldbau und Fischfang, dafür gar nicht mehr von der Seeräuberei aber vermehrt auch vom Tourismus.